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Text File  |  1995-07-26  |  2KB  |  49 lines
  1. ******************************
  2. * Guanylate kinase signature *
  3. ******************************
  4.  
  5. Guanylate  kinase   (EC 2.7.4.8)   (GK)  [1]   catalyzes   the   ATP-dependent
  6. phosphorylation of  GMP  into  GDP.  It  is  essential  for  recycling GMP and
  7. indirectly, cGMP.  In prokaryotes (such as Escherichia coli), lower eukaryotes
  8. (such as    yeast)  and  in  vertebrates,  GK  is a highly conserved monomeric
  9. protein of about 200 amino acids. GK has been shown [2,3,4] to be structurally
  10. similar to the following proteins:
  11.  
  12.  - Protein  A57R  (or  SalG2R)  from various  strains  of Vaccinia virus. This
  13.    protein is  highly similar to GK, but contains a frameshift mutation in the
  14.    N-terminal section and could therefore be inactive in that virus.
  15.  
  16. The following  proteins are characterized by the presence in their sequence of
  17. a SH3 domain as well as a C-terminal GK-like domain:
  18.  
  19.  - Drosophila  lethal(1)discs  large-1  tumor  suppressor protein (gene dlg1).
  20.    This protein  is  associated with septate junctions in developing flies and
  21.    defects in the dlg1 gene cause neoplastic overgrowth of the imaginal disks.
  22.    Dlg1 is a protein of 960 amino acids.
  23.  - Rat postsynaptic density protein 95 (PSD-95).  PSD-95  is  a protein of 724
  24.    amino acids which is enriched in the postsynaptic density fraction.
  25.  - Human 55 Kd  erythrocyte  membrane  protein (p55). p55 is a  palmitoylated,
  26.    membrane-associated protein of unknown function.  p55  is  a protein of 460
  27.    amino acids.
  28.  
  29. There is  an  ATP-binding  site (P-loop) in the N-terminal section of GK. This
  30. region is not conserved in the  GK-like domain of the above proteins which are
  31. therefore unlikely  to  be kinases. However these proteins retain the residues
  32. known, in  GK, to be involved in the binding of GMP. As a signature pattern we
  33. selected a highly conserved region  that  contains two arginine and a tyrosine
  34. which are involved in GMP-binding.
  35.  
  36. -Consensus pattern: T-T-R-x(2)-R-x(2)-E-x(2)-G-x(2)-Y-x-[FY]-[LIVM]
  37. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  38. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  39. -Last update: October 1993 / First entry.
  40.  
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